Khi Sùng Trinh tại vị phải đối phó với 2 nguy cơ lớn về quân sự: sự uy hiếp của chính quyền Hậu Kim của người Nữ Chân nổi lên từ thời Minh Thần Tông và các cuộc nổi dậy của nông dân như Bạch Thủy, Vương Nhị, Cao Nghênh Tường, Lý Tự Thành, Trương Hiến Trung… Nguyên do các cuộc khởi nghĩa nông dân vì đời sống khổ cực, mất mùa đói kém[19].

Ở phía Tây Bắc, Sùng Trinh theo đề nghị của Vương Tượng Cán thường dùng biện pháp vỗ về, lấy của cải tặng các bộ tộc này để giữ yên vùng biên giới.

Đối với các cuộc khởi binh của nông dân, Sùng Trinh theo kế của Dương Hạc, sai đi phát chẩn lương thực và phủ dụ. Tại vùng Thiểm Tây, Dương Hạc phủ dụ được Thần Nhất Khôi. Nhưng các lực lượng nổi dậy sau đó vẫn không dẹp yên được hoàn toàn mà vẫn chống đối triều đình.

Vì vậy sang năm 1630 Sùng Trinh thấy biện pháp này không hiệu quả bèn cách chức Dương Hạc, sai Hồng Thừa Trù làm tổng đốc quân sự Tam Biên, thống lĩnh các tướng tại đây. Sau chiến thắng ở Tây Hào, Hồng Thừa Trù cơ bản dẹp yên được vùng Thiểm Tây.

Để chống lại quân Hậu Kim đang nổi lên ở phía đông bắc, Sùng Trinh cho trọng dụng lại Viên Sùng Hoán, vốn là đại tướng bị Hy Tông xử phạt. Viên Sùng Hoán được phong làm Thượng thư Bộ Binh, tổng đốc Liêu Đông trấn thủ Sơn Hải quan đánh bại nhiều cuộc tấn công của quân Hậu Kim. Nỗ Nhĩ Cáp Xích không thể tiến vào trung nguyên được, bị trúng đạn của Viên Sùng Hoán, không lâu sau qua đời, con là Hoàng Thái Cực lên thay, tiếp tục cuộc nam chinh.

Trong lúc đó, những người cùng cánh cũ của Ngụy Trung Hiền vu oan Sùng Hoán có ý định làm phản hàng địch khiến Sùng Trinh nghi ngờ.

Năm 1630, Hoàng Thái Cực sau nhiều lần tấn công không được, phải tránh Viên Sùng Hoán, mang 10 vạn quân không đi qua Cẩm châu, Ninh Viễn và Sơn Hải quan mà vòng qua đường Mông Cổ tiến vào Trường Thành, đánh chiếm Tuân Hóa. Viên Sùng Hoán nghe tin vội mang quân về bảo vệ kinh thành, kịp thời tới Thông châu trước quân Hậu Kim, đánh lui Hậu Kim ở Quảng Cừ Môn.

Hoàng Thái Cực thấy Viên Sùng Hoán bất ngờ xuất hiện ở Thông châu rất kinh ngạc, bèn dùng kế phản gián, phao tin Sùng Hoán thả lỏng khiến quân Hậu Kim mới tiến được tới Bắc Kinh và mình đã hẹn với Viên Sùng Hoán kết liên minh dưới chân thành. Hoàng Thái Cực cố ý nói lộ việc này ra ngoài, rồi thả cho một tù binh là hoạn quan họ Dương trốn thoát về. Viên hoạn quan trở về liền báo cho Sùng Trinh biết. Hoàng Thái Cực còn cho viết văn bản mật ước rải ra ngoài thành Bắc Kinh.

Sùng Trinh nghe tin cho là thật, bèn hạ lệnh cho Cẩm Y vệ bắt ngay Viên Sùng Hoán giam vào ngục[20]. Sau đó Viên Sùng Hoán bị xử lăng trì tại cầu Cam Thạch. Những người can ngăn đều bị giáng chức. Cái chết của Viên Sùng Hoán khiến cho quân Hậu Kim từ lúc đó ngày càng chiếm thế chủ động chiến trường.

Năm 1637, Hùng Văn Xán được phong làm Thượng thư Bộ Binh kiêm Hữu phó đô ngự sử, tổng đốc Hà Nam, Sơn Tây, Hồ Quảng, Tứ Xuyên đi trấn áp cuộc khởi nghĩa của Trương Hiến Trung. Hùng Văn Xán có 10 vạn quân, khí thế mạnh mẽ, bao vây nhiều lớp khiến Trương Hiến Trung không chống nổi, phải dâng thư về triều xin đầu hàng.

Sùng Trinh chấp nhận cho Trương Hiến Trung đầu hàng. Hiến Trung mang vài vạn hàng binh đóng ở Bạch Sa châu, cách Cốc Thành (Hồ Bắc) 15 dặm dựng nhà làm ruộng. Nhiều đại thần nghi ngờ Hiến Trung không thực lòng đầu hàng, đề nghị nên phân tán quân sĩ của Hiến Trung đi, nhưng Sùng Trinh không tán thành.

Sang năm 1639, Trương Hiến Trung lại khởi binh phản lại triều đình. Sùng Trinh không nhận lỗi do mình thả lỏng Hiến Trung mà quy lỗi cho Hùng Văn Xán tiếp nhận cho Hiến Trung đầu hàng, sai bắt Văn Xán bỏ ngục rồi sau đó tử hình[21].

Sau khi Viên Sùng Hoán bị giết, quân Hậu Kim ngày càng chiếm ưu thế. Năm 1636, Hoàng Thái Cực đổi tên nước là Thanh, liên tiếp uy hiếp biên giới nhà Minh.

Năm 1642, Sùng Trinh sai Hồng Thừa Trù mang 10 vạn quân ra giúp Tổ Đại Thọ chống quân Thanh. Hai tướng ngăn chặn đánh lui được Hoàng Thái Cực. Nhưng sau đó Sùng Trinh lại nghe theo Phương Nhược Kỳ cho rằng quân Thanh yếu ớt phải xuất kích tiêu diệt, vì vậy bắt các tướng phải tổ chức tiến công quân Thanh, không được phòng thủ. Kết quả quân Minh đại bại, bị tiêu diệt hoàn toàn, cả Tổ Đại Thọ và Hồng Thừa Trù đều bị bắt. Sùng Trinh ban đầu cho rằng Hồng Thừa Trù tử trận vì nước nên sai làm nghi lễ, sau mới biết tin Thừa Trù hàng Thanh mới hủy bỏ việc này[22].

Từ đó nhà Minh không còn đủ thực lực chống quân Thanh phía đông bắc nữa. Hoàng Thái Cực mang quân bao vây Ninh Viễn. Lo lắng về tình hình đông bắc, Minh Tư Tông quyết định nghị hòa với Hoàng Thái Cực. Ông nghe theo Dương Tự Xương bí mật sai Trần Tân Giáp đi thương lượng và lệnh cho Tân Giáp giữ kín nội dung nghị hòa vì sợ mất uy thế của "thiên triều" đối với ngoại tộc, không muốn công khai với mọi người về việc triều Minh phải đứng ngang hàng với Mãn Thanh trong hòa đàm[21][23].

Trần Tân Giáp sai Mã Thiệu Du sang trại Hoàng Thái Cực thương lượng. Bàn bạc xong, Mã Thiệu Du viết nội dung vào văn bản trình Trần Tân Giáp. Tân Giáp xem xong để trên kỷ. Gia nhân tưởng là văn bản đê điều hàng ngày bèn mang đi sao chép thành nhiều bản. Chỉ qua mấy hôm, nội dung nghị hòa đã loan khắp kinh thành, Trần Tân Giáp bị chỉ trích dữ dội.

Sùng Trinh nghe tin bèn bắt Trần Tân Giáp trách cứ về tội dám tự nghị hòa với Hậu Kim. Tân Giáp không nhận tội vì làm theo lệnh của vua. Sùng Trinh nhất định hạ lệnh xử tử Tân Giáp để bịt đầu mối, bất chấp nhiều lời can ngăn[24].

Thượng thư Bộ Lại là Tạ Thăng biết chân tướng sự việc bèn nói cho mọi người biết việc nghị hòa do bản ý của Sùng Trinh. Sùng Trinh vì mất thể diện bèn cách chức Tạ Thăng.